2013年（2013年1月1日零时至12月31日24时），全国（不含港澳台，下同）共报告法定传染病发病6416418例，死亡16592人，报告发病率为473.87/10万,死亡率为1.23/10万。

2013年，全国共报告甲类传染病发病 53例，死亡1人，报告发病率为0.0039/10万，比2012年下降30.36%，死亡率为0.0001/10万，与2012年持平。乙类传染病除传染性非典型肺炎、脊髓灰质炎和白喉无发病、死亡报告外，其它共报告发病3057410例，死亡16300人，报告发病率为225.80/10万，死亡率为1.20/10万，分别较2012年下降5.43％和3.00％。报告发病数居前五位的病种依次为病毒性肝炎、肺结核、梅毒、细菌性和阿米巴性痢疾、淋病，占乙类传染病报告发病总数的93.26%，报告死亡数居前五位的病种依次为艾滋病、肺结核、狂犬病、病毒性肝炎和流行性出血热，占乙类传染病报告死亡总数的98.09%。

    同期，丙类传染病共报告发病3358955例，死亡291人，报告发病率为248.07/10万,死亡率为0.02/10万，分别较2012年下降10.50%和51.25％。报告发病数居前五位的病种依次为手足口病、其它感染性腹泻病、流行性腮腺炎、流行性感冒和急性出血性结膜炎，占丙类报告发病总数的99.29％，报告死亡数居前三位的为手足口病、其它感染性腹泻病和流行性感冒，占丙类传染病报告死亡总数的98.28％。

    与2012年相比，2013年甲乙类传染病中的肠道传染病、呼吸道传染病、血源及性传播传染病报告发病率分别下降7.84%、3.31%和6.89%，自然疫源及虫媒传染病报告发病率上升14.83%。肠道传染病中除伤寒/副伤寒和戊型肝炎发病率上升外，霍乱、未分型肝炎、细菌性和阿米巴性痢疾、甲型肝炎发病率均有所下降；呼吸道传染病中传染性非典型肺炎和白喉无发病、死亡病例报告，麻疹和流行性脑脊髓膜炎报告发病率有所上升，猩红热、百日咳和肺结核报告发病率均有所下降；血源及性传播传染病中淋病、艾滋病和丙型肝炎报告发病率有所上升，乙型肝炎和梅毒报告发病率下降；自然疫源及虫媒传染病中鼠疫无发病、死亡病例报告，钩端螺旋体病、炭疽、狂犬病和流行性出血热报告发病率下降，登革热、人感染高致病性禽流感、疟疾、流行性乙型脑炎、血吸虫病和布鲁氏菌病报告发病率均有不同程度上升。